Quân Tây Sơn lấy danh nghĩa tôn phò nhà Lê để diệt chúa Trịnh. Sau khi diệt họ Trịnh, quân Tây Sơn rút về nam. Nguyễn Huệ để lại Nguyễn Hữu Chỉnh trấn thủ Nghệ An.

Lê Hiển Tông qua đời, cháu nội là Lê Chiêu Thống lên thay. Các tướng cũ của chúa Trịnh như Đinh Tích Nhưỡng, Dương Trọng Tế mưu lập lại chúa Trịnh, bèn đón Trịnh Bồng về, ép vua Lê phong vương. Chiêu Thống bất đắc dĩ phải nghe theo.

Đinh Tích Nhưỡng lúc đầu trót nói với Lê Chiêu Thống rằng sẽ để quyền hành cho vua Lê định đoạt, nhưng bản ý muốn giữ nếp cũ cho Trịnh Bồng điều hành việc triều chính như các đời chúa Trịnh trước. Đúng lúc đó Hoàng Phùng Cơ hưởng ứng Đinh Tích Nhưỡng, bèn mang quân từ Sơn Tây về Thăng Long. Nhận lời Tích Nhưỡng, ông cùng các quan văn võ vào cung vua Lê tâu xin giao quyền cho chúa Trịnh. Lê Chiêu Thống không bằng lòng, nhưng vì cô thế nên bất đắc dĩ phải đồng ý. Chúa Trịnh Bồng bèn phong ông làm làm Trung quân tả đô đốc chưởng phủ sự, Đinh Tích Nhưỡng làm đông quân hữu đô đốc thự phủ sự[5].

Lê Chiêu Thống bị mất quyền về tay họ Trịnh như trước rất tức giận, thành ra tranh chấp quyền hành với Trịnh Bồng, tự mình sai các hoàng thân mộ quân bảo vệ hoàng cung. Các quan lại người ngả theo vua Lê, người ngả theo chúa Trịnh.

Tháng 11 năm 1786, Trịnh Bồng theo lời Dương Trọng Tế, bí mật sai Nguyễn Mậu Nễ và Bùi Nhuận đem quân vây cung vua Lê, ra hẹn ai theo vua Lê sẽ giết chết. Hoàng Phùng cơ vốn không ăn cánh với Dương Trọng Tế, và vì có nhà riêng trong kinh thành sợ xảy ra biến sẽ tai tiếng, bèn mang quân bản bộ ngăn trở Mậu Nễ. Mậu Nễ phải rút lui. Lê Chiêu Thống thấy tình hình căng thẳng quá bèn ngầm thân viết thư để triệu Nguyễn Hữu Chỉnh ở Nghệ An ra cứu.

Nguyễn Hữu Chỉnh liên tiếp thắng trận. Các tướng do Trịnh Bồng phái đi đều bị đánh bại. Dương Trọng Tế bỏ chạy lên Kinh Bắc, Đinh Tích Nhưỡng chạy đi Hải Dương lấy cớ mộ quân. Hoàng Phùng Cơ cô thế, thấy Nguyễn Hữu Chỉnh mạnh mẽ liệu không chống nổi, bèn rút về Sơn Tây. Trịnh Bồng bại trận bỏ trốn mất tích.